FCSのデフォルト状態ではTCP/IPのポート番号1935が使用されます。
でもFireWallが設置された環境では、よっぽどネットワーク管理者がFlash好きでない限り、1935なんていうアヤシイポートは閉じられている可能性が高いので、1935の他に80(HTTP)や443(HTTPS)等の開いていると思われるポートを追加で設定します。

FCSのポート設定は"Adaptor.xml"に記述します。
"Adaptor.xml"の位置は
"/Program Files/Macromedia\Flash Communication Server MX/conf/_defaultRoot_/Adaptor.xml"

下記のようにHostPortタグにポートの番号を追加します。
<HostPort>:1935</HostPort>
↓
<HostPort>:1935, 80, 443</HostPort>

Flash側では
"rtmpt://111.111.111.111/myApp/myInstance"に接続すると、
1935→80→443の順に接続を試みます。

ポートを最初から指定したい場合は、
"rtmpt://111.111.111.111:80/myApp/myInstance"とすることで、
最初から80ポートに接続にいきます。